引物cg含量为什么不能过高
引物cg含量为什么不能过高 -
内容如下：引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。
引物中包含过多的C和G碱基对会导致一些问题，例如：1、引物中过多的C和G碱基对会导致引物间形成二聚体或多聚体。这种情况下，引物会在PCR反应开始前就互相结合，形成引物二聚体或多聚体，而不是与模板DNA结合。这将导致PCR反应效率的下降或完全失败。2、引物中过多的A和T碱基对会导致非特异性扩增等我继续说。
内容如下：引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。
引物中包含过多的C和G碱基对会导致一些问题，例如：1、引物中过多的C和G碱基对会导致引物间形成二聚体或多聚体。这种情况下，引物会在PCR反应开始前就互相结合，形成引物二聚体或多聚体，而不是与模板DNA结合。这将导致PCR反应效率的下降或完全失败。2、引物中过多的A和T碱基对会导致非特异性扩增等我继续说。
引物的特异性和扩增效率。引物gc含量过高或过低都会降低引物的特异性和扩增效率，从而影响pcr反应。除了gc含量之外，还需要考虑引物的长度，特异性，复合温度等因素，这些因素的综合影响才能保证pcr反应的成功和稳定。
原因分析：二聚体问题，基本可以确定为引物设计不当——你的引物很长，一般2kb的片段，有22bp的引物就足够了，你这么才长的引物，非常容易形成发夹结构，或者其他互补情况，最后形成二聚体.另外，你的引物CG含量有点低，弄到55%会稳定很多. 解决方法：首先，你应该尝试低温退火+热启动的PCR方法，具体为：首次等会说。
gc比例高复性时温度为什么高 -
GC含量高的引物，在低温下会产生很多非特异性结合，也就是说可能出现几个碱基不匹配但是大量GC形成的氢键已经足够在低温下维持稳定的结合了，这样非特异条带就产生了。在高温下，温度高到只靠GC形成的氢键不足以维持稳定的结合，其它AT形成的氢键也就重要了起来，从而使得特异性提高。
退火就是DNA形成双链温度越低越容易形成双链，但是反应过快，就容易错配要尽量减慢反应，使他们有充分的时间来正确配对所以要选择一个相对高温，又要保证他们能形成双链引物越长，退火温度越高，CG含量越高退火温度越高。原理还是和上面差不多的，自己理解一下我觉得C说的没有什么问题我问同学后面会介绍。
我设计的引物CG含量相同,但是tm差很多,为什么呢? -
无语，Tm的算法和GC含量的算法是不同的，最常用的引物的Tm通常是用“近邻分析法”，在理想状态下，退火温度足够低，以保证引物同目的序列有效退火，同时还要足够高，以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般设定比引物的Tm低5℃。
能够提高引物的Tm值，但是既然与模板不配对，那么也不会影响你引物模板实际的结合率，
引物设计总结其中说“如果3'末端为CC、GG、CG、GC,能提高引发效率”,是...
PCR试验中，最重要的其实是两个部分，一个是引物设计，一个就是酶的选择，如果末端是C或者G的话，因为它们与模板的结合比A或者T要“结实”一些，因此在理论上引发的效率要高一些，但是在实际操作过程中并不是那么明显。
3'末端为CC、GG、CG、GC，不易错配，扩增比较特异，