基因测序结果的图怎么看(网!

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2024-07-16 04:43:00 来源:网络

基因测序结果的图怎么看(

帮我读基因测序的图,途中红圈的部分表示什么意思?谢谢。 -
红圈的部分是该基因的整体示意图。细长线代表的是染色体DNA.方框代表的是外显子(exon)的位置。涂黑的代表的是被翻译的编码区。一头一尾的空白方框是非编码区。红圈上方的序列图,是表示3号外显子和内含子交界区序列(SD)。估计该基因有Alternative splicing,也就是有不同的外显子拼接。这个测序结等我继续说。
1. 假设你测的是一个基因的序列,如果已知这个基因的序列,则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方。比对的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行。2. 如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结后面会介绍。

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如何看懂基因测序的circo图 -
拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是由基因组发生重排而导致的, 一般指长度为1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。CNV 是基因组结构变异(Structural variation, SV) 的重要组成部分。CNV位点的突变率远高于SNP(Single nucleotide polymorphism), 是人好了吧!
现在测序后,一般都是机器阅读,你要自己阅读的话,就照DGGE后顺序,拿着胶,按分子量从大到小一个一个读就好了。
如何对基因测序结果进行分析 -
首先,看测序峰图,如果结果的彩图显示峰型是尖锐单一的,碱基所对应的编码是一致的,那么可以判断序列是可以使用的。如果出现双峰,信号中断等异常现象,那么需要重新制备或者克隆后再测序。一般情况系是通过荧光定量PCR,可以测定目的基因相对于标准基因的倍数,选取一定的基准,就能知道目的基因的数量。但是等我继续说。
如果是用Sanger测序的话,电泳得到的条带是模板连的互补链,电泳的方向是有3‘段到5’段的,那么从下往上读,就可以的出互补链,根据反向平行,就可以推倒出模板连的碱基序列。
实验室菜鸟一枚,做的基因pcr后测序,用geneious软件对比,可完全不会看...
比对结果简单的说是为了让两条或者多条不同长度序列通过一致性的比较,掐头去尾,使其变成具有可比性的多条序列。如上图,出现很多的空格,就是为了让两条序列有一致性,软件自动添加的。比对之后下一步就是进行系统进化树绘制,使用mega等软件对比对好的序列进行系统进化分析···然后出图,描述,写说完了。
1、测序反应开始及最后都不是很稳定,表现在测序结果上就是如此了。2、SNP在测序结果上的表现是该位点处为双峰。因为其他地方序列都是一样的,末端终止得到的片段也就是完全一样的,只有在SNP位点处才会得到两种片段。
DNA峰图怎么判断结构、移码、结合之类的 -
DNA峰图就是DNA的一级序列,你只能看到序列信息,不能看到二级或三级结构。所以,移码是可以看出来的。比如图中每一个主峰前面都有一个与之一样的小峰,说明测序样品是一个混合物,有少部分样品在这段序列之前的某一个位置有一处碱基缺失,造成了移码。如果序列中有复杂DNA结构(例如发卡结构)有时等会说。
如果两侧数据都能比对到基因组的数据会被统一认为是Unique mapped reads,此时对于动物基因组,unique mapped reads 占测序量(clean reads)50%以上应是可接受的范围。对于植物样本,尤其是重复序列较多的样本,unique mapped reads 比例可能会急剧降低。在获取unique mapped reads后,要进行进一步过滤,以等会说。