引物cg含量为什么不能过高
引物cg含量为什么不能过高?？
内容如下🥎🐉-|🐏🦤：引物GC含量在40%~60%之间🏈_🦅🎨，Tm值最好接近72℃🦤——😍🎋。GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应🌹-🌸。上下游引物的GC含量不能相差太大😜🤫|_🐈。
引物中包含过多的C和G碱基对会导致一些问题😟🐂-🌿，例如🤨🌗_🎄：1😈😹|🏈、引物中过多的C和G碱基对会导致引物间形成二聚体或多聚体🌵————🤢。这种情况下*🎑-🌸，引物会在PCR反应开始前就互相结合🏑🦦——🌍，形成引物二聚体或多聚体🎄😄——-*，而不是与模板DNA结合🐟🦅_——🏅。这将导致PCR反应效率的下降或完全失败🐿-——🐃。2👻🦂————😆😀、引物中过多的A和T碱基对会导致非特异性扩增等我继续说🔮_😈🧶。
内容如下🥎🐉-|🐏🦤：引物GC含量在40%~60%之间🏈_🦅🎨，Tm值最好接近72℃🦤——😍🎋。GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应🌹-🌸。上下游引物的GC含量不能相差太大😜🤫|_🐈。
引物中包含过多的C和G碱基对会导致一些问题😟🐂-🌿，例如🤨🌗_🎄：1😈😹|🏈、引物中过多的C和G碱基对会导致引物间形成二聚体或多聚体🌵————🤢。这种情况下*🎑-🌸，引物会在PCR反应开始前就互相结合🏑🦦——🌍，形成引物二聚体或多聚体🎄😄——-*，而不是与模板DNA结合🐟🦅_——🏅。这将导致PCR反应效率的下降或完全失败🐿-——🐃。2👻🦂————😆😀、引物中过多的A和T碱基对会导致非特异性扩增等我继续说🔮_😈🧶。
引物的特异性和扩增效率😗⛸——|🦗🌸。引物gc含量过高或过低都会降低引物的特异性和扩增效率🐏-*，从而影响pcr反应🪱🌦-🏸🐫。除了gc含量之外*🎉——|🦉，还需要考虑引物的长度🌕——*🥊，特异性🦗🐒————☄️🧵，复合温度等因素😮👹|——✨，这些因素的综合影响才能保证pcr反应的成功和稳定🐝--🦚。
原因分析🐔|_🎇：二聚体问题😱-🦃🦢，基本可以确定为引物设计不当——你的引物很长🎇||🐬，一般2kb的片段♥🌾|🎎🌱，有22bp的引物就足够了🐉-🐾，你这么才长的引物🌪👹||🐣，非常容易形成发夹结构🏵_——😧🍂，或者其他互补情况🐟🐏——-☹️🐝，最后形成二聚体.另外🎁————😌🪅，你的引物CG含量有点低🐰——-🐈⬛🥏，弄到55%会稳定很多. 解决方法🦝||🤨🐤：首先🐸*_😣😉，你应该尝试低温退火+热启动的PCR方法🌧_-⛈🤭，具体为🐡🦠|🐜：首次希望你能满意🐆🌧||☀️。
gc比例高复性时温度为什么高?？
GC含量高的引物🦆|🦎，在低温下会产生很多非特异性结合🐨🦠|🖼，也就是说可能出现几个碱基不匹配但是大量GC形成的氢键已经足够在低温下维持稳定的结合了🦟😜-_🦚，这样非特异条带就产生了🐜——-😂🌍。在高温下🐫——☀️🌵，温度高到只靠GC形成的氢键不足以维持稳定的结合*🐘|🙈🪴，其它AT形成的氢键也就重要了起来🐇🙉-🐐🐳，从而使得特异性提高🐈⬛⛸|🙈🦔。
退火就是DNA形成双链温度越低越容易形成双链🐦🦣————⛳🐊，但是反应过快😟——🦇🎍，就容易错配要尽量减慢反应🐸-🎑，使他们有充分的时间来正确配对所以要选择一个相对高温🦙🐕🦺_🕷💐，又要保证他们能形成双链引物越长😧🦒——⛈，退火温度越高🐓-——🐦😪，CG含量越高退火温度越高♦——-🐫🌔。原理还是和上面差不多的🐰_🎟😖，自己理解一下我觉得C说的没有什么问题我问同学希望你能满意🎫😪-|🐋。
我设计的引物CG含量相同,但是tm差很多,为什么呢??？
无语*-_🤗，Tm的算法和GC含量的算法是不同的🪶🪳_-😉🦃，最常用的引物的Tm通常是用“近邻分析法”🐹||😞*，在理想状态下♦🐿|-🌓，退火温度足够低🥇-🦏🕷，以保证引物同目的序列有效退火🌨__😈🌴，同时还要足够高☀️🤿——*，以减少非特异性结合🦣_🎁🌪。合理的退火温度从55℃到70℃🐲|🤠🌲。退火温度一般设定比引物的Tm低5℃😫——-🐂🏉。
能够提高引物的Tm值🐦__🤬，但是既然与模板不配对🐣🐂|-🦤🎾，那么也不会影响你引物模板实际的结合率🦍🐍——|*，
引物设计总结其中说“如果3'末端为CC、GG、CG、GC,能提高引发效率”,是...
PCR试验中😡😌-🤨，最重要的其实是两个部分💫🪲-_🐯，一个是引物设计🐆_*🦌，一个就是酶的选择🎟🌨_😬，如果末端是C或者G的话💮-🦊🥀，因为它们与模板的结合比A或者T要“结实”一些🪡🤒|*，因此在理论上引发的效率要高一些🤑_😌😑，但是在实际操作过程中并不是那么明显🦗|_😚。
3'末端为CC😳|-🦠🐚、GG🌈_😁、CG🐿🦮|-😧🐕🦺、GC👽-🤐🌸，不易错配🐼__😰，扩增比较特异🦄☹️|😮🙉，