tcga数据库的由来(
TCGA数据库介绍?？
TCGA 利用大规模测序为主的基因组分析技术🦠🐰-🦀🦨，通过广泛的合作*🎟_🌷，理解癌症的分子机制😧🌒|🛷🌧。提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断🦒-*、治疗和预防癌症的能力*🐟-|🌥。最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的「图谱」🌏🥋--🐩🦖。TCGA临床数据有两种🌒|-🐃🌾：数据文件有(HTSeq count/ FPKM/ FPKM-UQ)3种介绍链接生成r有帮助请点赞🐦🐕|*🎮。
欢迎来到小云精心打造的GEPIA数据库深度解析🎑|🐸！GEPIA💫🎯|🌍🎄，中文名基因表达分析平台🐀_🦂💐，是生物信息学研究的宝贵资源☺️😦_🐀，它的英文名是说完了🐘🦮——🐙🐿。🦔||🪶🍁，为全球科研人员提供了一站式的在线生信分析工具🦍————🦨，帮助探索基因表达🤮|——🍃、肿瘤预后和共表达等生物现象🦁😥-🏈✨。探索之旅从这里开始😥-|🐯：版本升级*-——🦠： GEPIA1.0和2.0版各具特色🦤--🙁，1.0版专注于基础说完了🎫-⚡️。
TCGA 利用大规模测序为主的基因组分析技术🦠🐰-🦀🦨，通过广泛的合作*🎟_🌷，理解癌症的分子机制😧🌒|🛷🌧。提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断🦒-*、治疗和预防癌症的能力*🐟-|🌥。最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的「图谱」🌏🥋--🐩🦖。TCGA临床数据有两种🌒|-🐃🌾：数据文件有(HTSeq count/ FPKM/ FPKM-UQ)3种介绍链接生成r有帮助请点赞🐦🐕|*🎮。
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是😮🐱_🦡。TCGA作为肿瘤研究中资源最丰富👺🐄——🦐，数据最权威的数据库🕊🐬_——🦚🐨，自然受到广大科研工作者的深入挖掘🎫-——🎄，所以图片形式是最方便看的🀄|🎄🦋。
1🌹|♦🤬、DESeq2需要导入两个数据集🦜🐇|🪶*：mycounts, colData🤖__😘🦧。先说mycounts🕹🐓|*，这就是处理完的TCGA数据RNAmatrix.txt⚾|🐦🦁，直接读入即可🐜|🌼。2🦌_🕹、colData就是对每个样本的一个情况说明😗--🐞😰。这个可以生成🌹_🤢✨，也可以自己写一个保存为csv格式🐹_😴。我一般自己写🐟🦙_*🎏。3🌱🥌|——🐟、构建矩阵4🦈_|☀️🐖、输出结果说完了🍄————🕸。
tcga数据库样本哪些是肿瘤哪些是正常?？
TCGA-06-0649-01B-01R-1849-01 第四个字段🐪_-🌾🐔：11A和01B描述的就是样本类型🌨🦊-🦣，1-9是肿瘤🛷-_😄，10-19是正常🐄🦣-|🐩，20-29是对照🦁*__😒。A 和B 我也不知道啥意思😚🐚_-🦍🎾。由于TCGA barcode 字段宽度是严格的🐗🐉_🦃。因此用substr就可提取names=colnames(RNAseq_dat)a=as.numeric(substr(names,14,15))table(a)可以看见数据中有希望你能满意⛈_😷。
2🕷🦢|-🤣、智能数据搜索🐯-🐳🎨，商机定位高效🤯🎐|_🐀🍃。3🥏|😭😦、搜索定位相助🎖-😋🌻，数据让你出众🐽||☺️。4🌈🦩——🎋、数接千载🌺🎽__🦀，据联万里*🪀_☄️。5🐔🐨——🏑、数据不是黄金🎗🌿__🐇，数据指引黄金🛷|-🦘。6🌛-|🤔🐿、商务不再迷茫🐅_😀，数据精准领航☘🦅|🦍🐞。7🦕🎟-😺🌑、搜索未来商机🦁_-🤖，下载未来先机💐😤——🦇🦘。8🪢-🎈🌔、数析先机🌪_🙄，商联天下⚾🌗__🐯。9🎍😨——_🌟、数据分析有路🐞🦂——*，商机快速起步🐩😬|_🐌。10🐍-——🌒、问道专业大数据🤑🐟|🦘，抢占市场新效益🦌|-🦟。11🐅🐁——🐸、未来市场还有呢？
tcga数据库rna-seq差异基因表达用哪些软件包?？
edgeR包比较常用😽——🎟，做差异分析🎉🦣-🐔🐫，
转自“医学统计园”微信公众号🐲_🍁。读入clinical.json文件计算文件长度n🕊|🥀，在这里n为348 初始化变量利用一个for循环由json文件中提取信息将提取的信息做成一个dataFrame
如何找到TCGA数据库里面所有有脑转移的病人??？
提取详细的临床数据🌔🦬-🎮，临床数据里面有相关信息🤧🐰——🐐🐗，提取这些样本💐🦄|😿，做后续分析就可以了🏵🐑--🥉，
检查网络设置🍀|_😵，多半是网络有问题🦄🦋——🪳，或者是家里的网络不允许进入外网😿_——😎。